对于像日本这样一个占地面积并不大的岛国来说，铁路系统相当发达，连接各主要城市的运营工具也基本全靠铁路。日本的铁路以准时和高安全性著称。而日本最大的铁路公司则是JR(日本铁道)集团，日本铁路的主力。JR是之前的日本国铁， 按地域分JR东日本，JR西日本，JR东海，JR北海道和JR九州。
其铁路线如同蜘蛛网般笼罩日本国土全境。日本的JR铁路中有快捷舒适的超特快列车－新干线。新干线通常被列为向外国旅客推荐的交通工具。其每隔十几分钟就有一班从东京开往国内各主要都市。
新干线尚分多种路线。除多数游客经常利用，可连接东京与博多间之“东海道・山阳新干线”外，另有连接东京与八户（青森县）间之“东北新干线”、连接东京与新潟间之“上越新干线”、连接东京与长野间之“长野新干线”、于九州运行之“九州新干线”（目前新八代（熊本县）至鹿儿岛中央（鹿儿岛县）间已开通）等各路线。座位分为“自由席”、“指定席”和“绿色(头等)”的三种。
除JR外，还有私铁，民办铁路，大多数属于地方上区域性的铁道。私铁还分大手(规模大实力强)私铁和小的地方私铁 。每家铁道公司既有自己的单独的路线，又有重叠的线路。比如从大阪-神户，就有JR、阪急、阪神三家可以选择。
列车类型
日本的列车种类，又分得特别细。连日本人自己都自嘲说，读列车时刻表和票价表，简直像读松本清张和西村京太郎的推理小说。
以JR为例，现在常见的列车至少可分为普通、快速、急行、特急、新干线这么几类。
- 普通：基本每站停车，速度最慢，也就60公里的样子。车费只收“运赁”-基本车费。
- 快速：停车站少于普通，时速90公里，也只收运赁。
- 特快：是特别快速的略称，相当于中国叫法的直快。只收运赁。
- 急行：停车站少于快速，时速90-120公里，除了收取运赁，还要加收“急行料金”-加急费。
- 特急：停站最少，速度最快，时速大约120-130公里。收运赁和特急料金。
- 快特：快速特急的略称，收费和特急一样。
- 新干线：就是高铁，时速250-300公里。收运赁和急行料金。
新干线
新干线（日语：新幹線／しんかんせん Shinkansen ）是日本的高速铁路系统，也是全世界第一个投入商业运营的高速铁路系统，采用标准轨（1435mm）之轨距，均为纯客运服务。第一条线路是连结东京与大阪之间的东海道新干线，于东京奥运开幕前的1964年10月1日通车运营；经过多年扩展，目前有9条线路，其中包含2条线路较短的“迷你新干线”，将日本大多数的重要都市连结起来。最初由日本国有铁道研发与运营，国铁分割民营化后由JR集团接续，目前有JR北海道、JR东日本、JR东海、JR西日本、JR九州等5家JR公司提供服务。
新干线路线包括东北新干线，山阳新干线，东海道新干线，北陆新干线，九州新干线，北海道新干线，上越新干线，山形新干线，秋田新干线。
游客们经常选择的路线包括：
东京 – 名古屋 – 京都 – 大阪 （东海道新干线 Tokaido Shinkansen）
东京 – 新青森 （东北新干线 Tohoku Shinkansen）
盛冈 – 秋田 （秋田新干线 Akita Shinkansen)
东京 – 新潟 （上越新干线 Joetsu Shinkansen）
东京 – 金泽 （北陆新干线 Nagano Shinkansen）
大阪 – 博多 （山阳新干线 Sanyo Shinkansen)
博多 – 鹿儿岛中央 (九州新干线 Kyushu Shinkansen)
新干线车型
新干线Nozomi(希望号)
Nozomi是东海道新干线和山阳新干线（Tokaido / Sanyo Shinkansens）中最快速的列车。东京往返新大阪的希望号列车，最快需时2小时22分钟（距离515公里），最慢列车需时2小时37分，大多都是2小时30分，33分或36分。东京至博多的最快列车需时4小时53分钟，最慢列车需时5小时19分钟。
Nozomi不适用于JR通行证持有人。
超快的Nozomi在东海道/三洋新干线的停靠站要少于其他两种新干线：特快Hikari和每站停靠的小玉。
从东京站（东海道线的第一站）到博多站（三洋新干线的最后一站）共有35个车站，而那些运行全长的Nozomi列车在其中12个停靠。
这12个站点中的11个始终相同（东京，品川，新横滨，名古屋，京都，新大阪，新神户，冈山，广岛，小仓，博多），其余站点为以下四个站点之一：姬路 ，福山，德山或山口的新山口站。 请注意，Nozomi子弹列车不会在静冈停下来。
新干线Hikari（光号）
Hikari是东海道新干线和山阳新干线运行的列车名称。从东海道新干线正式通车时就已经设立这种列车等级。曾经是全线最快的列车，今已被希望号所取代。每小时只有2班。与希望号相比，这列火车停靠的次数更多。
Hikari适用于JR通行证持有人。
新干线Kodama（回声号）
Kodama列车经停东海道新干线和山阳新干线上的所有车站。这使得此列车成为所有新干线中速度最慢的。与Nozomi和Hikari列车相比，Kodama列车的行驶距离通常较短。典型的Kodama运行线路包括东京 – 名古屋/新大阪，东京 – 三岛/静冈/滨松，三岛/静冈/名古屋 – 新大阪，新大阪/冈山/广岛 – 博多以及一些较短的深夜列车。
Kodama适用于JR通行证持有人。
新干线Mizuho（瑞穗号）
Mizuho列车在新大阪和鹿儿岛中央之间运行，包括山阳新干线和九州新干线的区间。其最快需时为3小时45分钟，比樱花号快25分钟。瑞穗号是九州新干线中最高等级的列车，因此收费模式和山阳新干线中的希望号相同，但在山阳新干线区间内乘搭瑞穗号时，需比希望号再多付200至300日圆的车资。使用九州铁路周游券及一部分版本JR西日本铁路周游券的外国人士，搭乘指定区间（北九州版:博多→熊本，全九州版:博多→鹿儿岛中央）时不须额外付费（使用日本铁路周游券时，和希望号一样，需要支付全额车费）。
Mizuho不适用于JR通行证持有人。
新干线Sakura（樱花号）
Sakura列车也在新大阪和鹿儿岛中央之间运行。樱花路线和目的地类似于Hikari路线，其中两列火车在新神户，冈山，广岛，小仓，博多，熊本和鹿儿岛等地停靠。
Sakura适用于JR通行证持有人。
新干线Tsubame（燕子号）
Tsubame 列车是在九州旅客铁道（JR九州）九州新干线上运行，每站皆停的列车。燕子号列车是2004年（平成16年）3月13日九州新干线新八代至鹿儿岛中央路段通车时所设的列车等级，也是九州新干线在全线通车前唯一的车等。但2011年3月九州新干线全线通车后，燕子号就改为九州新干线路段之内专用的每站皆停列车。
坐席
复杂的车次系统之外，急行以上的车次座席分成自由席和指定席。
普通车全部是自由席。自由席就是散座，上车自己找空位子坐吧，反正一般来说日本的列车都比较空，位子找得到。不过，上下班高峰期和旅游旺季时，自由席找不到空座位的情况也经常发生。指定席就是对号入座的席位，要在买票时指定座位。买指定席位的好处，是可以选择沿途风景好的一边坐，不过得再掏钱-指定料金。
头等舱GranClass
E5 ab鸟超级快车模型子弹头列车提供无与伦比的豪华体验。经过全面重新设计的外观具有与日本东北地区相关的色彩。火车内部装饰豪华，并配备了最新技术。
Gran一词在法语和西班牙语中意为“大”，这个词肯定描述了这列火车的内部。每辆车仅提供六排座位，每排三个，提供“火车旅行中前所未有的质量和宽敞性”。这提供了充足的腿部空间，可躺卧在豪华椅子上。倾斜功能以及脚凳都可以使用座椅扶手上的控制面板进行操作。
服务也是新干线 Gran Class的看点。进入火车后，服务员将引导您到您的座位。然后，将为您提供菜单，毯子，温暖的毛巾，拖鞋（旅客可能带回家）和眼罩等便利设施。
菜单内的注释写着：“我们的服务反映了所遍历的土地，并且注重个人需求，以便您可以以自己的个人方式享受旅途。我们很荣幸地使您的旅行成为旅途中的一个高峰。“可以随时使用扶手上的按钮将服务员召唤到您的座位上。
菜单选项包括所有本地美食。 例如，您可以订购一个便当盒，其中装有当地种植的蔬菜以及青森县生产的新鲜苹果汁。 其他选择包括饮料，小吃，酒精饮料和西式午餐。 所有食品和饮料均免费提供。
火车从车站出发后，便会提供饮食服务。 饭后，乘客可以放松身心，欣赏过往乡村的美景。 每排只有三个座位，在Gran Class汽车中，三分之二的乘客都拥有自己的靠窗座位。
一等舱（Greenグリーン）
一种叫“グリーン車”-高等级车厢(其实就是绿色车厢Green)，VIP车厢。这个等级车厢一般只在特急以上车次才有，且全部为指定席。嗯，高级车厢的特权，大概也就是座位宽敞一点，可以在车内接听手机吧!(普通等级的车厢，从礼仪上来讲是不能在车内使用手机的，必须到车厢连接处的专门地点用手机)。
二等舱
普通等级的席位有自由席和指定席两类。
卧铺车厢
曙光号寝台卧铺夜车
JR有数量不多的“寝台车”–卧铺车。东京-札幌的卧铺车还是值得一坐的。卧铺车在上述车费之外另加卧铺费。
车票
普通车票
「普通车票」就是只包含基本车资的车票，又称作「乘车券」，通常普通列车、各停列车、急行列车、快速列车都只要普通车票即可搭乘。日本大部分铁路路线的基本车资都是以里程计费，搭越远则基本车资越高。不过路面电车和小型铁路路线则多采取单一票价，不论距离远近，基本车资皆相同。 
IC卡
「IC卡」就是电子感应票卡，旅客可在进出站闸门利用碰触 IC卡的方式感应付款，省去购票的麻烦。在日本，大部分的铁路公司都有独自或是与其他交通业者合作推出IC卡。例如 JR东日本推出的「Suica」，关东地区各大交通业者共同推出的「PASMO」，JR西日本推出的「ICOCA」、关西地区各交通局与各大交通业者共同推出的「PiTaPa」等等。 IC卡通常只能支付铁路的基本车资（普通车票），所以大部分情况下都无法用 IC卡直接搭乘特急列车或新干线。
指定席券
「指定席券」就是只包含划位（指定）费用的车票。在日本，划位费用通常都不含在普通车票中，必须另外支付。所以希望有固定座位的旅客，除了普通车票还必须加购「指定席券」才能乘坐可划位的对号座（指定席）车厢。依业者、路线和车种的不同，普通列车、各停列车、急行列车、快速列车的部分班次，以及特急列车、新干线的绝大部分班次都会设置必须购买「指定席券」或支付划位费用才能乘坐的对号座车厢。另外，部分快速列车、特急列车或新干线为全车对号座（全车指定席），所有旅客都必须加购「指定席券」或支付划位费用才能搭乘。
特急券
「特急券」就是包含特急费的车票。在日本，特急费都不含在普通车票中，必须另外支付。所以希望搭乘 JR 特急列车，或是乘坐需要特急券的私铁特急列车的旅客，除了普通车票还必须加购「特急券」。通常「特急券」会分为「自由席特急券」和「指定席特急券」。 「自由席特急券」就是不包含划位费用，只能乘坐自由座（自由席）车厢的特急券；「指定席特急券」则是已包含划位费用，可以乘坐对号座（指定席）车厢的特急券。另外，搭乘新干线所需的「新干线特急券」则是包含了「新干线自由席特急费」或「新干线指定席特急费」。
若同时购买普通车票和特急券，部分铁路业者会将两张车票合并为一张票券，持该车票即可进出车站并搭乘特急列车
特别车厢券
「特别车厢券」就是搭乘特别车厢所需的车票。特别车厢指的是拥有较宽敞座位或额外服务、设备和设计的高级车厢。以 JR 为例，特别车厢被称作「绿色车厢」（Green Car，グリーン车），意思等同于商务车厢，希望搭乘绿色车厢的旅客都必须加购「绿色车票」（グリーン券）。目前 JR 部分路线的普通列车、各停列车、急行列车、快速列车，以及绝大部分的特急列车、新干线都会设置「绿色车厢」。另外，部分私铁业者也推出了采用特别车厢的列车，例如富士急行线的「富士山View 特急」第一节车厢，南海电铁Rap:t 特急列车的「Super Seat」车厢，近铁特急列车的「Deluxe Seat」车厢等等。乘坐上述列车的特别车厢，都必须加购「特别车厢券」或支付特别车厢费用。
一日券/周游券
「一日券/周游券」就是可在指定时间内不限次数搭乘该交通业者旗下路线的优惠车票。日本各家交通业者几乎都有推出「一日券/周游券」以吸引观光客搭乘。地铁、公车或私铁业者由于路线范围较小，通常都是推出「一日券」，让旅客在一天内不限次数搭乘旗下路线。例如东京都交通局推出的「都营通票」，大阪 Metro 推出的「大阪一日车票」、「乐享环境卡」，京都市交通局推出的「京都地铁一日券」等等。
优惠套票
「优惠套票」就是不同交通业者或功能的车票组合而成的套票，并以优惠价格贩售。例如京成电铁与东京地铁、都营地铁合作推出，内含Skyliner 特价车票和Tokyo Subway Ticket 的「Skyliner＆Tokyo Subway Ticket」；JR 西日本推出，内含HARUKA 关空特急特价车票和ICOCA 的「ICOCA＆HARUKA 优惠套票」；南海电铁与大阪Metro 合作推出，内含Rapi:t 特急特价车票和大阪地铁‧公车一日券的「欢迎来大阪套票」（大阪出张套票）等等。由于「优惠套票」的价格通常十分划算，所以大部分的「优惠套票」只限日本国外旅客购买，到日本旅游的懒虫们可别忘了好好利用。
车票系统
- 基本车费叫“运赁”。
- 加急费叫“急行/特急料金”。
- 定座费叫“指定料金”。
所以，日本铁道车费的构成是：
普通、快速的车费：运赁
急行、特急、新干线的车费：运赁+急行(特急)料金+指定料金(可选)。
看起来复杂，实际买票的时候按提示显示的金额付款就是了。
但是指定座位比较麻烦，如果没有事先在网上预约好的话，一般要在窗口找工作人员办了。或者先进入指定席车厢找个空位坐下，然后等着查票员来的时候补张指定席的票，交上指定料金即可。
火车通票
专为海外游客设计的通票，仅限于拥有短期签证的外国游客购买使用。
JR全国通用Pass，分连续使用的7、14、21日票，价格为28300日元、45100日元、57700日元。除新干线的希望号、瑞穂号之外，可乘坐全部JR列车和JR巴士(具体看Pass所附说明)。还能乘坐西日本宫岛轮渡。
地方JR的Pass，可以海外预购也可以在JR各站的绿色窗口购买。大站往往会有懂中文的职员。
JR北海道Pass，分3日、5日、7日连续使用票和任意4日票，价格为15000日元、19500日元、22000日元和19500日元。可乘坐JR北海道所有列车、JR北海道巴士。
JR东日本Pass，分5日、10日连续使用票和任意4日使用票，价格为20000日元、32000日元和20000日元。可乘坐JR东日本全线和空港联络线。支付追加特急等费用后也可以乘坐一部分私铁线路。
JR西日本Pass
- 关西版：连续使用的1、2、3、4日票，价格为2000、4000、5000、6000日元;仅限京都-大阪-神户地域的普通车和巴士使用。
- 山阳版：连续使用的4日、8日票，价格为20000、30000日元，可乘坐JR西日本所有列车，使用范围为山阳地域，即大阪-京都-奈良-冈山-广岛-博多。
- 关西广域版：4日通票，价格7000日元，使用范围是大阪-京都-奈良-神户-姬路-滋贺-敦贺-和歌山南纪-冈山-城崎温泉地区，很实用。
- 关西-山阳-北九州-四国版：5日连续使用，22000日元，使用范围是大阪-神户-广岛-北九州和四国。
- 关西-山阳-全九州-四国版：5日连续使用，25000日元，使用范围是大阪-神户-广岛-九州全域和四国。
JR九州Pass，分北九州版和全九州版。
- 北九州版：3、5日连续票，价格7000、9000日元，仅限福冈、长崎、熊本、佐贺、大分地域使用。
- 九州全域版：3、5日连续票，价格14000、17000日元。这两种版本都可乘坐JR九州所有列车。
所有的JR Pass在有效期内都是可以无限次乘坐的。
特殊票种
除了这些基本车票以外，各家铁道公司还推出了形形色色的一日、2日周游券(有些和旅游地门票联用)，多次乘车的“回数券”，通勤票(类似于中国的月票)，各个节日的优惠套票，学生假期特别优惠套票(例如青春18联票)，面向外国旅游者的短期联票(例如JR的3日、4日、5日、7日、14日、21日Pass)等等。充分利用这些优惠票还是能省下不少银子的。具体可以在车站询问工作人员，他们一般都会很热心地向旅客推荐合适的票种。或者，懂日语的可以直接上JR官网查询，每个时期的优惠票种和价格。不懂日语的可以看相应的英文版。英文日文都不懂的看日文版，大概猜猜也能猜出个7-8分意思。
车票以外，各家公司还有自家的各类IC交通卡，价格比较优惠，有些甚至有便利店的支付功能。日本铁道的IC交通卡有10种之多，原先在JR系和私铁系的各家公司间并不能全部通用，据说2013年春季之后会兼容通用。
简单描述一下的话，有JR各公司发行的「Kitaca」「Suica」「TOICA」「ICOCA/HARUKA」「SUGOCA」，东京地域私铁的「PASMO」，关西地区私铁的「PiTaPa」，名古屋交通局和名古屋铁道发行的「manaca」，福冈市交通局发行的「はやかけん」，西日本铁道的「nimoca」。
车站与乘车
检票
进站时，将车票放进验票机，通过后记得把票抽出来！若忘记拿回车票，到了目的地可是得再重买一张。使用IC储值票卡（Suica、PASMO、ICOCA等等），则直接哔哔感应进入即可。
寻找站台
通常大车站一进入验票口就有电子告示板，请记得自己要搭的路线名称及方向，对照告示板讯息，看要到几号月台搭车。来到小车站，没有电子告示板也没关系，多留意头上的招牌甚或是脚下的楼梯，都会有指示。
站台候车
到了月台后记得再次确认方向是否正确，没有电子告示板的话可注意头上招牌。由于日本各地有些地方的月台并无附设闸门，在月台上走路的时候要小心不要离电车轨道太近喔。
东京车站
东京车站是日本最重要的车站之一，除了可搭乘JR 东日本旗下的所有新干线，以及往返名古屋、京都、大阪的「东海道新干线」（JR 东海），还有以环状连结市区各大车站的「山手线」，横贯市中心的「中央线快速」，通往东京迪士尼的「京叶线」，直达成田机场的「N’EX 成田特快」等路线及列车行经，是大部分旅客都会经过或停留的重要站点。也因此，东京车站成为了百货公司、餐厅与伴手礼店的一级战场。从站内大厅、站外大楼到四通八达的地下街内，都有数不清的商店可逛、美食可尝、名产可买。
东京车站分成西侧的「丸之内口」，以及东侧的「八重洲口」，并再进一步细分为北边的「北口」、南边的「南口」及中间的「中央口」。所以寻找东京车站周遭特定的商场或景点时，请务必先搞清楚丸之内和八重洲的方位，才能在这座大迷宫找到您的目标。
搭乘
认清列车种别
各间公司的列车种别有不同，而通常月台也会显示列车信息，例如目的地、列车种别、乘车位置等等。而列车种别是十分重要的，这会影响到旅程所花费的时间，以及是否需要额外付费等等。
车上查票
有时候新干线的车票让人感到很头痛，售票处会发给您两三张车票，有时只会是一张而已。但也不过是千篇一律，入闸时只要将车票 + 特急券放入闸机便可。指定席券不用放入闸机，留待上车查票时使用。有时候，车票连运费印在同一张票券内，那就只需要插入一张票券便可以出入闸。
下车
使用车费不足的车票乘车时，或中途改变目的地时，可于下车车站的检票口进行补票结算。而结算方法，则有直接支付检票口工作人员或使用检票口附近的自动结算机两种。此外，在乘车时，若车内有车掌巡回，亦可向车掌申请并当场进行结算。
搭车礼仪
在日本搭电车有一些需要注意的，尽管没有强制规定车上不能饮食，大部份日本人仍不会这么做，尤其带味道重的食物上车是件很失礼的事。另外，电车内也请避免大声喧哗或使用手机，以免影响到其他乘客。出国在外，大家要尽量做好国民外交喔！
为免打扰其他乘客，上车请调成静音模式
日本电车也有博爱座，花色明显和一般座位不同。当然一般人也可以坐博爱座，不过若看到有需要的人还请礼让。比较特别的是，为了某部分乘客身上可能装置有医疗仪器，当车上人潮众多时，建议将手机电源关掉。
不晓得大家有没有在冬天去过日本？搭电车时觉得屁股下面还有小腿热热的，第一次发现时也觉得好新鲜呢！基本上冬天的时候，建筑室内跟电车内都有暖气。难怪日本女生即使下雪天也能穿短裙！
日本电车人潮惊人，造成不少痴汉问题，为了维护女性乘客的权益，推出「女性专用车厢」。除了车厢上贴有大大的「女性专用车厢」贴纸，月台候车处地上也会特别标示。如果男生不小心上了车，只好忍受异样的视线直到下一站啰……
注意某些女性专用车厢并非全天候实行，仅在人最多的通勤时间，或某些特殊时段才限制唯有女性能搭乘。在月台候车时不妨留意一下脚边的文字。
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